Літопис Аль-Ідрісі у 1154 році є найдавнішим письмовим джерелом, у якому згадується Ужгород. Як свідчать історичні документи, місто з часу свого першого згадування фактично до кінця Першої світової війни мало лише одну назву: Унґвар (видозміни: Гункбар, Гунґвар, Онґвар). Саме слово складається з двох частин: «Унґ» і «вар». Що стосується другої з них, тут вчені одностайні, позаяк слово «вар» в угорській мові означає «укріплення, фортеця, замок» (в угорську мову воно потрапило з іранської). Також великі дискусії викликає етимологія слова «Унґ».
У 1860 році один із перших істориків міста Карой Мейсарош (1821—1890) стверджував, що «Унґ» нібито означає «швидкий». Тим часом для визначення вказаного поняття в слов'янських мовах вживаються зовсім інші слова. Один із дослідників Еде Маукс, спираючись на те, що серед кочівних тюркських народів вожді племен називалися «онґ», і оскільки, відповідно до історичних праць угорського автора Аноніма (поч XIII ст.) Арпад — один із вождів древніх угрів наприкінці IX — на початку X століть — захопив Ужгород, то і фортеця (місто) отримала назву «Онґвар» («Унґвар»). Однак, як з'ясувалося, Арпад мав титул «юлі» або «Дюли» (з чого пізніше виникло власне ім'я Дюла), а не «онґ». Не підтверджується й припущення Пала Ясої, що ця назва походить від імені посла східно-римського імператора Феодосія Онегеса, спрямованого до короля гунів Аттіли (V століття).
Іван Раковський вважав, що назва Унґвар більш слов'янська, ніж Ужгород, і походить від таких слів, як Уґ (Унґ), що означає Південь (річка Унґ (Уг словацькою) мовою — Уж, тече на південь) і слова «твар» (творити, твердиня, фортеця), з якого випала буква «т» і воно отримало форму вар.
У першій половині XIX століття видатний славіст Павел Йозеф Шафарик (1795—1861) штучно з назви Унґвар утворив назву Угвар. З цієї назви пізніше була зроблена калька «Оуґгород». Паралельно з цим викладач Ужгородської духовної семінарії Андрій Балудянський (1807—1853) створив форму «Унґоград», переклавши угорське слово «вар» (замок, укріплення) на слов'янське «град», однак жодна назва не прижилася.
У середині XIX століття нарешті з'являється і назва Ужгород, яке виникло під впливом підйому національних рухів руського населення краю, особливо за часів Угорської революції 1848—1849 років. Кому належить авторство у створенні цієї назви, достеменно невідомо, проте існують уявлення, яким чином воно утворено. Замість елементу «Унґ» вжито слово «Уж», а угорське «вар» («замок, фортеця») перекладено слов'янським словом «город»
